Debug log - R - RunHarmony()

起因

• 运行以下RunHarmony()时报错，可是代码以前能跑的，唯一的不同就是换了服务器

seuratObj <- RunHarmony(sce, "orig.ident")

• 报错内容

Error in harmonyObj$cluster_cpp() : 
  element-wise pow(): incompatible matrix dimensions: 100x6 and 6x1

处理过程

方案一 ?：重装

• 该问题比较新，根据Github解决方案 ^[1]，首先运行以下代码重装harmony：

devtools::install_github("eddelbuettel/harmony",force = TRUE)
devtools::install_github("immunogenomics/harmony",force = TRUE)

• 不行

方案二 ?：Live Support

• 官方在上述issue中提出与官方联系 ^[2]
• 我联系了，但是问题提交的时候一直处于Submitting…

方案三 ?：Rcpp版本问题

• 从一开始的解决方案里，有人提出是Rcpp包的版本问题 ^[3]
• 于是查看Rcpp包的版本 ^[4]

packageVersion('Rcpp')

[1] ‘1.0.9’

• 嗯，有可能是版本问题……
• 安装旧版本的Rcpp
  • 因为我查看自己电脑上的R版本是1.0.7，所以安装了一样的以防万一

devtools::install_version("Rcpp", version = "1.0.7", repos = "[http://cran.us.r-project.org](http://cran.us.r-project.org/)")

• 再一次查看版本还是1.0.9
• 推测可能是已经加载过devtools包的缘故
  • 因为在把所有R包全部卸载的情况下，首先安装devtools，然后查看Rcpp包版本显示1.0.9
• 此时无法加载刚安装的Rcpp包

Package ‘Rcpp’ version 1.0.9 cannot be unloaded ……

• 清除环境加载的R包重启Rstudio或上边栏Session-Restart R，此时所有R包都会unload
  • 加载并查看版本

library("Rcpp")
packageVersion('Rcpp')

[1] ‘1.0.7’

• 皆大欢喜！！！
• 然后继续安装其他R包！

• 此方法适用于没安装多少包的
• 如果安装了，应该可以通过unload所有包，然后重新加载实现。有些依赖高版本的Rcpp的R包，可能需要重新下载

• 继续运行RunHarmony()就没问题了

补充

查看R包版本方法

packageVersion('Seurat')
sessionInfo('Seurat')

1. https://github.com/immunogenomics/harmony/issues/171 ?

2. https://devharmony.support/I/-/dev.harmony.one/index.html ?

3. https://github.com/immunogenomics/harmony/issues/171#issuecomment-1287192826 ?

4. https://www.jianshu.com/p/4b040b29e2ac ?