一、软件需求
使用这个软件的目的：进行
complex的生成工作，使用chimera将分子(*_lignad.sdf)和靶点(*_pocket.pdb)的格式转换成能够被RDKit识别的Mol格式，并且将二者进行dump()操作，生成complex。
简介
UCSF Chimera是一个可高度延伸的程序，用于分子结构和相关数据的交互式可视化和 分析。主要包括：密度图，超分子组合，顺序排列，对接结果，轨迹和构象ensemble。也可以生成高质量图像和动画。Chimera包括完整的程序说明书和几个教程。
二、环境软件需求
三、chimera安装教程
- 赋予制定的权限
chomd +x chimera-1.10.1-linux_x86_64.bin #赋予权限可以看到，在ls后，如果可执行文件显示为灰色，此时文件是不可以执行的。通俗讲，这个文件就是一个单纯的文件，还不是可以执行的程序。上述命令就是给文件赋予执行权限，让他成为一个可以执行的程序。
另附各种颜色表示的含义：
蓝色 #目录
绿色 #可执行文件，可执行的程序
红色 #压缩文件或包文件
浅蓝色 #链接文件
灰色 #其它文件- 运行安装
运行后，需要等待一下。
./chimera-1.11.2-linux_x86_64.bin #运行安装- 指定安装位置
注：如果想要安装到指定的地址，要记得删除~/.local/UCSF-Chimera64-1.10.1，然后写入自己的安装地址。 - 安装
桌面菜单一般默认是yes，当时我安装的时候总是不行，所以我并没有安装，可能是因为系统的问题不能提供图形界面，所以不能安装？我就试了一下，没有安装，选择了no。
后面的就是默认，按回车/输入0就可以了。 - 安装成功！
- 配置环境变量
vim ~/.bashrc
#设置环境变量
export PATH="上面的安装路径"/bin:$PATH #写入bashrc文件保存
source ~/.bashrc
#更新，立即生效
#.bashrc 是一个用户自定义配置的文件，可以用于配制环境变量