安装指南
保证你的服务器已安装如下软件
- Python2.7+ 或Python3+
- bash
- IGV
- Xvfb
- xdpyinfo
- Java
之后从GitHub上克隆该项目
git clone https://github.com/stevekm/IGV-snapshot-automator.git
cd IGV-snapshot-automator/bin
./get_IGV.sh # 下载2.3.81的IGV
使用测试数据集检查安装状态
python make_IGV_snapshots.py test_data/test_alignments.bam test_data/test_alignments2.bam
最后你会在当前目录下看到一个IGV_Snapshot文件夹目录，说明脚本运行成功。
参数用法
该脚本的主要目的就是截图，因此参数比较简单，原则上只需要提供.bam/.bigwig文件即可。但实际上还有一个非常重要的参数是-g, 因为默认是hg19, 实际上我们会有自己的参考基因组版本。
其他可选参数为
- -r: 输入为bed文件，用于定义截图区域
- -g: 参考基因组，默认是hg19。
- -ht: IGV track的高度
- -o: 输出文件夹
- -bin: IGV.jar文件路径。脚本中使用的是bin/IGV_2.3.81/igv.jar。最好是在命令行中写死。
- -mem: 分配内存
- -nosnap: 不需要截图，保存脚本即可
- -suffix: 输出文件名的前缀
- -nf4: Name filed 4模式
- -onlysnap: 提供自己编写的batchscript脚本
- -s: 根据正向/反向链进行截图
举个例子，对拟南芥基因组进行截图
python /opt/biosoft/IGV-snapshot-automator/make_IGV_snapshots.py -g /data/reference/genome/TAIR10/Athaliana.fa -r test.bed ath1.bam
当然作者提供的参数比较少，如果对截图有个性化的需求，可以参考IGV控制命令编写自己的脚本进行。