网速太差了，PubMed 打不开？检出文献太多，一篇一篇的看摘要，要看到什么时候？想要根据影响因子、发表年份、摘要进行筛选？摘要如果可以自动翻译成中文就好了！
别急，有了PyPubMed 小工具，这些统统不是问题！
PyPubMed——是由诺禾致源医学板块总监余欢构想，生信大神苏庆东开发的一款小工具，可快速完成文献检索与摘要翻译，并输出文献详细信息存储为excel表格，各类有效信息轻松掌握，百倍提高你的文献查阅与整理效率。
安装
安装Python3 环境
输入Python 官网链接：https://www.python.org/downloads/，点击下载自己系统对应的安装包。
以Windows 10系统为例，点击 Windows installer(64-bit) 下载安装。
安装时勾选把Python 添加到环境变量中，等待安装完成即可。
安装PyPubMed
打开命令行界面，进行操作：Windows 系统打开命令行（快捷键为 Win+R，输入 cmd回车），Mac 系统可直接进入终端（Terminal）操作界面。
命令行模式下执行下面命令安装 PyPubMed：
pip3?install?pypubmed
注意：所有命令和参数之间至少要有一个空格隔开，非Windows 系统还需要区分大小写;
若安装速度太慢报错，可使用阿里云镜像来加速，输入下面命令：
pip3 install pypubmed -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple
安装后，测试一下安装是否成功，输入下方命令行：
pypubmed
出现如下提示，表示安装成功：
Usage: pypubmed [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...
Toolkits for NCBI Pubmed
查看当前版本：
pypubmed --version
更新pypubmed 到最新版本：
pip3 install -U pypubmed
添加API_KEY?参数
为了提高访问频次限制，首次使用推荐添加API_KEY 参数。
API_KEY 生成方法：注册 NCBI 账号并登录，然后访问下方链接，点击生成你的API_KEY。链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/settings/#accountSettingsApiKeyManagement
输入命令：
pypubmed -k YOUR_API_KEY search -h
备注：-k 参数只需首次使用时添加。
功能一：文献检索功能
关键词/ PMID 检索
常用的方法是：先使用PubMed 高级检索功能，得到需要检索的逻辑字段，然后使用pypubmed search 命令行，进行文献检索与下载。
首次使用，可先输入使用帮助命令行pypubmed -h 查看常用命令和使用说明。
这里介绍几个需牢记的命令：
Options:
1. -min, --min-factor FLOAT ，可限定要检索的文献的最小影响因子。
2.?-l, --limit INTEGER ，可限制输出文献个数（重点提示：建议每次检索，一定要根据需求进行NCBI关键词检索结果测试，获取最佳关键词并输出文献个数限制，一次性输出太多（eg上万条）会导致运行时间太长等问题出现）。
3. -o, --outfile TEXT，可指定输出结果的文件名称，默认的是 pubmed.xlsx。
4. -c, --cache，翻译时，运行太慢，或中断，可将翻译好的结果存储到缓存文件中。
查询示例：需要检索标题或摘要中包含关键词 ngs 和 disease，并输出前5个文章，指定输出文件名：ngs_disease.xlsx。我们可以先使用PubMed高级检索功能，得到字段：NGS[Title/Abstract] AND disease[Title/Abstract]，然后输入如下命令即可：
pypubmed search “NGS[Title/Abstract]?AND disease[Title/Abstract]” -l 5?-o?ngs_disease.xlsx
此外，还可使用PMID 来检索，首先使用 pubmed 导出查询后的 PMID 的 txt 文件为：pmid-NGSTitleAb-set.txt，保存路径为：C:\Users\Summer\Desktop，然后输入如下命令即可：
pypubmed search?C: \Users\Summer\Desktop\pmid-NGSTitleAb-set.txt
高级检索
若检索的关键词逻辑字段较简单，可使用pypubmed advance-search 命令行，进行文献检索与下载。
输入下面命令行：
pypubmed?advance-search
如，想要检索心脏病方面的NGS 的文献，按提示进行选择：
>>> please choose a number of field [48]: 48
your choice is: 48 - Title/Abstract
>>> please enter a search term: cardiopathy
query box now: "cardiopathy"[Title/Abstract]
input finish[y/N]: n
>>> please choose a number of field [48]: 48your choice is: 48 - Title/Abstract
>>> please enter a search term: ngs>>> please input the logic (and, or, not) [and]: and
最终得到的检索字段如下：
query box now: ("cardiopathy"[Title/Abstract]) AND ("ngs"[Title/Abstract])
得到的检索文献数量如下：final query box: ("ngs"[Title/Abstract]) AND ("cardiopathy"[Title/Abstract]) count: ?1detail: "ngs"[Title/Abstract]:14431, "cardiopathy"[Title/Abstract]:3534
如果需要下载的话，可继续后续操作，但在文献数量较多时，不建议使用此方法进行下载，更推荐使用前述方法。
功能二：文献引用格式批量生成
输入下面命令行：
pypubmed?citations -h
常用的命令：
-f, --fmt [ama|mla|apa|nlm]，最后输出的引文格式。查询示例：导出2个 PMID 的参考文献引用格式：33567694、33546218，输入如下命令即可：
pypubmed citations 33567694?33546218?-f apa
查询结果如下：
33567694Esposito, M. V., Comegna, M., Cernera, G., Gelzo, M., Paparo, L., Berni Canani, R., & Castaldo, G. (2021). NGS Gene Panel Analysis Revealed Novel Mutations in Patients with Rare Congenital Diarrheal Disorders. Diagnostics (Basel, Switzerland), 11(2), 262.33546218? ? ? ?
Maggi, J., Koller, S., B?hr, L., Feil, S., Kivrak Pfiffner, F., Hanson, J., Maspoli, A., Gerth-Kahlert, C., & Berger, W. (2021). Long-Range PCR-Based NGS Applications to Diagnose Mendelian Retinal Diseases. International journal of molecular sciences, 22(4), 1508.
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