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利用OGDRAW绘制叶绿体圈图+Geneious长度的统计

组装并注释完叶绿体基因组后,就要进行圈图的绘制。这里使用在线网站OGDRAW来绘制圈图。

主要参考教程:叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2,OGDRAW(图文教程) - 知乎

OGDRAW在线地址:MPI-MP CHLOROBOX - OGDRAW (mpg.de)

在打开这个网站绘图之前,接之前的Geneious注释教程,还要先把注释完之后的gb格式导出来

(1)因为想要绘制圈图,所以在Geneious中要先把它转换成圈图的形式。在选中的序列上右键选择“Ciucular Sequence”,即可。

利用OGDRAW绘制叶绿体圈图+Geneious长度的统计,第1张
缩小界面即可看到完整的圈图

(2)在Geneious选中要导出的那条序列后,File→Export→Selected Documents,选择gb格式:

利用OGDRAW绘制叶绿体圈图+Geneious长度的统计,第2张
选择gb格式

之后所有的弹出窗口都选默认就可以。

(3)打开在线网站OGDRAW,选择OGDRAW,在upload处上载物种序列的gb文件,选择PS,勾选方框后选择Submit。具体各选项如下:

利用OGDRAW绘制叶绿体圈图+Geneious长度的统计,第3张
利用OGDRAW绘制叶绿体圈图+Geneious长度的统计,第4张
右侧的序列长度我给抹掉了,上传gb文件之后它会自己填充,from…to这里填的数字就是序列的长度

(4)结果出来后,点击output-graph,点击Download即可下载。

利用OGDRAW绘制叶绿体圈图+Geneious长度的统计,第5张

(5)下载后导入AI将圈图中央的物种名称改成自己物种的拉丁文,同时加上chloroplast genome即可。

利用OGDRAW绘制叶绿体圈图+Geneious长度的统计,第6张
所用软件:AI

查看LSC等各部分的长度】

回到Geneious中,在选定的序列上进行Annotate & Predict→Find Repeats,完成之后右键选择Circular Sequence,利用环状来统计各部分的长度。

找到两个IR区之后,可对比其repeat组成,因为是反向重复区,所以两个IR区包含的那些repeat肯定是互相之间方向相反的:

利用OGDRAW绘制叶绿体圈图+Geneious长度的统计,第7张
一个IR区
利用OGDRAW绘制叶绿体圈图+Geneious长度的统计,第8张
第二个IR区

可以看出,符合要求的有repeat19、repeat3、repeat27这三个,所以IR区的长度是这三部分合起来从头到尾的长度。

从一个IR区到另一个IR区,将整个的基因组分割成了两部分。这两部分中,长度长的是LSC,相对较短的就是SSC。

在Geneious中环状选择长度,只能往右走(即选择方向按shift键时只会向右,左边的选不了)。

利用OGDRAW绘制叶绿体圈图+Geneious长度的统计,第9张
如上图所示,在选择LSC/SSC区段的时候,不用管那个repeat132是否被劈开,没有影响,直接统计就行

基本来说,LSC+SSC+IRx2=序列总长度。


https://www.xamrdz.com/lan/5ev1993998.html

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