初学ggplot2 绘图

今天用最近看的一篇Nature Communications的数据试试ggplot2绘图，时间和能力有限，学了一半哈哈。

ggplot2包是R的一个作图用的最精彩的扩展包，它实现了“图形的语法”，将一个作图任务分解为若干个子任务，只要完成各个子任务就可以完成作图。在作常用的图形时，只需要两个步骤：首先将图形所展现的数据输入到ggplot()函数中，然后调用某个geom_xxx()函数，指定图形类型，如散点图、曲线图、盒形图等。
本文数据集有Nutnet不同站点不同年份的一些数据（选取一小小小小部分），包括站点site_code、处理时间year-trt、空间异步性、γ稳定性。

读取数据

getwd()
setwd("C:/Users/14327/Desktop/公众号")

data <- read.csv('data2.csv')
attach(data)

作散点图

首先调用绘图基本函数ggplot()函数，指定数据集，将spatial asynchrony映射到x轴，将gamma stability映射到y轴.

ggplot(data, aes(log_spatial_asynch_prod, log_gamma_stab_prod))+
  geom_point()

sdt.png

继续叠加拟合曲线图

拟合曲线方法GAM（广义相加模型）

ggplot(data, aes(log_spatial_asynch_prod, log_gamma_stab_prod))+
  geom_point()+geom_smooth(method='gam')

nhqx.png

我们也可以试试用线性（lm）拟合,只需要把gam改为lm即可，结果如下：

lm.png

在geom_point()和geom_smooth()加点简单元素

ggplot(data, aes(log_spatial_asynch_prod, log_gamma_stab_prod))+
 geom_point(color="chartreuse4",alpha=0.5) +
 geom_smooth(method='lm',color="cadetblue1", se =True, size =2, alpha =0.3,linetype=1)

Rplot01.png

脚本中size指定了线的以毫米为单位的粗细， se = T显示置信区间（False则不显示）。用alpha =设置了透明度，取0和1之间的值，数值越小越透明。在有许多个点时适当设置透明度可以比较好地显示出重叠的点，重叠点越多点的颜色越深。虽然这里设置了固定的透明度，也可以在aes()中将透明度alpha映射到某个变量，使得该变量值大小用点的透明度表示。

图形加上适当的标题

ggplot(data, aes(log_spatial_asynch_prod, log_gamma_stab_prod))+
  geom_point(color="chartreuse4",alpha=0.5) +
  geom_smooth(method='lm',color="cadetblue1", se =T, size =2, alpha =0.3,linetype=1)+
  
  labs(
  
  x ="空间异步性",
  
  y ="gamma稳定性",
  
  title ="异步性与稳定性",
  
  subtitle ="数据点为每个样地每年",
  
  caption ="数据来源: Nutnet" )

Rplot02.png

哈哈哈说实话挺丑的，以后再慢慢琢磨着改一下

颜色、符号、线型等映射

用不同颜色表示不同站点，就是将site_code变量映射到color:

ggplot(data, aes(log_spatial_asynch_prod, log_gamma_stab_prod,color=site_code))+
  geom_point() +
  geom_smooth(color="cadetblue1", se =FALSE, size =2, alpha =0.3,linetype=1)

Rplot03.png

脚本中仅指定了将站点映射到颜色维，并不具体指定所用的颜色。
接着作各个站点拟合的散点图：

ggplot(data, aes(log_spatial_asynch_prod, log_gamma_stab_prod,color=site_code,fill = site_code))
+geom_point() +geom_smooth(method="lm")

哎这里我参考的网站上用的是局部多项式曲线拟合的散点图（method=‘loess’），我试了一下画不出来，可能是因为我选取的数据太少少少少？明天再继续试试吧，我用method=‘lm’可以出来结果，如下

Rplot04.png

今天看到了一个up主用R画了一只玫瑰，想复现一下，结果到最后一步报错了，无奈明天解决吧，先上图嘻嘻。

参考资料：https://www.sohu.com/a/397306897_120233365，https://eric.netlify.app/2017/11/24/using-a-multivariate-normal-to-draw-a-flower-in-ggplot2/