1.?背景介绍
CCA或RDA是基于对应分析发展而来的一种排序方法,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接梯度分析。此分析是主要用来反映菌群与环境因子之间关系。RDA是基于线性模型,CCA是基于单峰模型。分析可以检测环境因子、样本、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。
工具链接:http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform/SoftPage/CCA
2.?操作界面
操作界面包含任务编号、OTU丰度表、环境因子列表文件、分析类型和是否分组绘图选项,其中1和2需要上传数据,3和4只需要进行选择。
2.1.?输入文件
需要输入的文件包括OTU丰度表和环境因子列表文件,如果选择按分组进行绘图,还需要提供分组信息表,文件必须为制表符分隔的txt格式,示例文件如下。
上传文件后,点击“提交”按键即可。
2.2.?查看进程
提交任务后,点击界面右侧的“CCA/RDA历史任务”模块,可以看到任务编号、提交时间、结束时间和状态。通过点击界面“我的任务”也可以查看任务编号、软件名称和状态等信息,点击任务编号,即可查看分析结果。
在任务详情界面,展示的是任务参数、结果文件列表和在线调整图片3个区域,提供结果文件下载和图片调整功能。
3.?示例图片
4.?结果文件列表
结果文件包含CCA/RDA结果图、百分比表、样本坐标表、物种坐标表、环境因子坐标表,其中CCA/RDA结果图可以进行在线调整。
各种坐标表