GWAS全基因组关联分析：TASSEL 5.0 Windows版软件使用教程

TASSEL的官方网站：https://tassel.bitbucket.io/
在TASSEL的下载文件夹中...\TASSEL5\TutorialData有示例数据 用此数据进行演示

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依次为基因型数据、亲缘关系、表现型数据（这里面包含了分群、表型性状、群体结构）、群体结构、表型性状。
实际只用到基因型数据、群体结构、和表型性状。TASSEL是可以通过基因型数据计算亲缘关系的。

一、加载数据

点击File → Open
将基因型数据、群体结构和表型性状导入进来。（mdp_genotype.hmp、mdp_phenotype、mdp_traits这三个文件）

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二、计算亲缘关系

对基因型文件进行过滤
选择基因型数据 点击Filter → Sites

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进行设置 → 点击Filter

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（此处的标准都是按照TASSEL指导手册中进行设置的）
点击Analysis → Relatedness → Kinship

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点击OK

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就得到了亲缘关系的矩阵

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三、关联分析（一般线性模型）

对基因型文件进行过滤
注意：这里用到的是上一步进行亲缘关系分析时过滤后的文件

即

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在此文件的基础上再次进行过滤 点击Filter → Sites
设置过滤条件 点击Filter

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得到过滤后的基因型数据

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选择性状数据 点击Filter → Traits

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选择其中一个性状，点击OK

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得到其中一个表型数据

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选择群体结构 点击Filter → Traits
将最后一个群体结构（Q3）去掉，指导手册中给出的解释是“如果我们把它们全部作为协变量使用，这会产生线性相依性”。

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得到过滤后的群体结构数据

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摁住Ctrl键同时选中上述三个文件进行合并 点击Data → Intersect Join

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得到合并后的数据集
选中合并后的数据集 点击Analysis → Association → GLM

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点击OK

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其中Help选项中有该页面参数的解释和默认值，还可以点击User Manual查看更详细的内容。
得到最终结果文件

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数据可视化
点击Results → QQ Plot/Manhattan Plot

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四、关联分析（混合线性模型）

混合线性模型即将群体结构和亲缘关系作为协变量来进行分析
摁住Ctrl键同时选中上述提到的一般线性模型中合并后的数据集和亲缘关系矩阵

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点击Analysis → Association → MLM

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进行设置 点击RUN → 点击 OK

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得到最终结果文件

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数据可视化
点击Results → QQ Plot/Manhattan Plot

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实际上关联分析输出的结果中只有Trait、Marker、Chr、Pos、p值是用到比较多的，Q-Qplot和曼哈顿图也是基于此几个值进行绘制的，我们可以将这几列提取出来在R语言中进行绘图。

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参考：

https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual

Tassel5UserGuide