生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和语法高亮

前言

“工欲善其事必先利其器”，生信工程师每天写代码、搭流程，而且要使用至少三门编程语言，没有个好集成开发环境(IDE，Integrated Development Environment)那怎么行？

本人使用过vim, editplus, ultraedit, notepad++, sublime。感觉在多语言支持、直接远程编辑脚本、启动速度等方面还是editplus用着比较舒服，适合我的个人习惯。

Editplus 下载和安装

最好官网下载最新版4.3，喜欢的话正版才30$,关键是不注册也不影响使用。
https://www.editplus.com/download.html 有32/64位版，建议安装64位版epp430_64bit.exe，还有中文版(不建议，全是老版本)，英语拼写检查(安装了没看到效果)；

先安装完成后，打开，会出现配置设置、语法文件位置选择，如下图
建议修改到自己的目录，方便管理和备份，如改为C:\Users\woodc\Desktop\home\soft\editplus

添加Perl语言模板

该程序对Perl语法默认支持已经非常好了，只是缺少个生信专用模板，参考我的上篇文章
生信人写程序1. Perl语言模板及配置

右键另存下载perl模板文件直接单击可能会报错，因为Perl的pl文件是也属于网页的一种，会被运行，而内容又不是网页，所以报错。

主要操作如下：将《Perl语言模板》原文中代码复制到editplus中新建的空白文件，点保存；
第一种情况:如果刚才设置了新的模板目录，请选择你自己设置的目录，替换template.pl。
第二种情况:没有更改配件文件目录，默认的保存位置可替换template.pl即可。
如果下次使用新建Perl不能自动加载模板，可以尝试将模板代码保存为template.pl在任何位置，选择Tools - Preference - template — Perl，更改template.pl文件位置为刚才保存的模板template.pl文件即可。

以后点新建- perl会自己加载我们配置的模板开使写新程序；其实我们更多是找写过相近的程序再修改，这个过程是逐渐积累的，领域和用途不同，自己的常用功能也是很个性化的。

添加Shell语言支持

https://www.editplus.com/others.html 选择* Shell stx - 肖俊斌 (2011-06-21)下载，解压后有shell.stx语法文件放在之前设置的目录；也可直接右键点我下载shell语法
再选择
Tools — Preference — Setting & syntax, Add - 输入 “Shell” — OK, 文件扩展添”sh”，语法文件选择下载的shell.stx；点OK；

Shell写作模板

主要包括命令行参数解析、默认参数设置、程序功能描述及帮助文档等

右键另存下载Shell模板文件

#!/bin/bash
set -e

# 设置程序参数的缺省值，少用参数即可运行
# Default parameter
input=input.txt
output=output.txt
database=database.txt
execute='TRUE'

# 程序功能描述，每次必改程序名、版本、时间等；版本更新要记录清楚，一般可用-h/-?来显示这部分
# Function for script description and usage
usage()
{
cat <<EOF >&2
Usage:
-------------------------------------------------------------------------------
Filename:    template.sh
Revision:    1.0
Date:        2017/6/24
Author:      Yong-Xin Liu
Email:       yxliu@genetics.ac.cn
Website:     http://bailab.genetics.ac.cn/
Description: This script is solve parameter read and default
Notes:       Function of this script
-------------------------------------------------------------------------------
Copyright:   2017 (c) Yong-Xin Liu
License:     GPL
This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License 
as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later version.
This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details.
If any changes are made to this script, please mail me a copy of the changes
-------------------------------------------------------------------------------
Version 1.0 2017/6/24

# 输入输出文件格式和示例，非常有用，不知道格式怎么准备文件呀
# Input files: input.txt, can inclue many file

# 1. input.txt, design of expriment
SampleID    BarcodeSequence    group    gene    batch    description
WT.1    TAGCTT    WT    ggps9.10    2    double mutant of ggps9-ggps10, cause A/B down
WT.2    GGCTAC    WT    ggps9.10    2    double mutant of ggps9-ggps10, cause A/B down
WT.3    CGCGCG    WT    ggps9.10    2    double mutant of ggps9-ggps10, cause A/B down

# 2. database.txt, annotation of gene
ID    description
AT3G48300    Transcript factor

# Output file
1. Annotated samples & DE genes
Samples    ID    description
Wt    AT3G48300    Transcript factor

2. Volcano plot: vol_otu_SampleAvsSampleB.pdf

# 参数描述，写清功能的缺省值
OPTIONS:
    -d database file, default database.txt
    -i input file, recommend must give
    -o output file or output directory, default output.txt
    -h/? show help of script
Example:
    template.sh -i input.txt -d database.txt -o result.txt
EOF
}

# 解释命令行参数，是不是很面熟，其实是调用了perl语言的getopts包，
# Analysis parameter
while getopts "d:h:i:o:" OPTION
do
    case $OPTION in
        d)
            database=$OPTARG
            ;;
        h)
            usage
            exit 1
            ;;
        i)
            input=$OPTARG
            ;;
        o)
            output=$OPTARG
            ;;
        ?)
            usage
            exit 1
            ;;
    esac
done

将以上代码保存为template.sh，点击Tools — Preference — Template — Add 命名为Shell，选择template.sh文件，OK。
以后点New file, 选择shell即自动加载模板；

R语言的语法支持

官网下载* R programming language stx - Wei Wang (2007-05-15)，或点我下载R语法文件
Tools — Preference — Setting & syntax, Add - 输入 “R” — OK, 文件扩展添”r,R,Rmd”，语法文件选择下载r的stx；点OK；

现在打开个R文件试试，已经语法高亮了
如果有Rstudio server的小伙伴，建议直接用网页版Rstudio在服务器上调式；

远程编辑脚本

先添加远程打开和保存工具栏按钮
Tools - Preference - Tools bar ; 把左侧的Open Remote, Save as Remote 选中按右箭头添加右侧；再选择edit菜单的Line Comment, Line Uncoment添加右侧；把右侧的远程打开和保存托至顶部，常用在前面好找；点OK确定配置

连接服务器打开文件编辑
点Open Remote按扭，点Setting设置远程服务器信息，添加服务器名称、IP、账号和密码，再点Advance中选择Encryption为sftp，OK再OK；即可正常连接服务器并浏览文件，我们选择编码Encoding为UTF-8，再打开shell脚本；

编辑吧，保存自动为远程保存，可以随时保存后马上运行调试，非常方便；

下次再打开已经使用过的文件，记得文件-最近打开文件选择更方便。