写在前面
从NCBI下载的注释文件通常是gbff格式的，而我们平时做上游分析用到的大多数为gff或gtf文件，那么这两种格式之间怎么进行转换呢。一番搜索后得到如下perl脚本。
脚本1
https://github.com/bioperl/bioperl-live/blob/master/bin/bp_genbank2gff3
简直太长了，有2350行之多，本来想学习一下作者的写法，看完直接劝退。我们直接跳到用法阶段。
#新建脚本
vim bp_genbank2gff3.pl #将脚本粘过来并保存
#赋予执行权限
chmod u+x bp_genbank2gff3.pl
# run
perl bp_genbank2gff3.pl file1.gbff
最终得到file1.gbff.gff。
脚本二
使用GFF_tools
http://biowiki.org/wiki/index.php/Gff_Tools
找到
然后执行命令和脚本一相同。
vim gbff2gff.pl
#赋予执行权限
chmod u+x gbff2gff.pl
# run
perl gbff2gff.pl file2.gbff
既然这两个脚本都能得到gff文件，那么它们的输出结果是否是一样的呢。这个时候我们需要用到linux中的diff命令。【https://www.runoob.com/linux/linux-comm-diff.html】
diff file1.gbff.gff file2.gbff.gff -y -W 50 > diff.txt
文件内容几乎是一模一样，但是如果你不放心怎么办。没关系，你可以加入-q命令来输出两个文件不同的地方。
diff file1.gbff.gff file2.gbff.gff -q -y -W 50 > diff.txt
输出结果如下
txt文件是0，说明这两个文件是完全相同的，所以用哪个脚本都是可以的。
3.更新一个python脚本，同样也可以把genebank格式转换成gff格式。
先安装biopython；我采用的是mamba安装。
mamba install biopython
再安装bcbio-gff
pip install bcbio-gff
- 转换代码 Converting other formats to GFF3;只需要在脚本里面改成你的文件就可以了。
from BCBio import GFF
from Bio import SeqIO
in_file = "your_file.gb"
out_file = "your_file.gff"
in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file, "w")
GFF.write(SeqIO.parse(in_handle, "genbank"), out_handle)
in_handle.close()
out_handle.close()
参考链接：
Biopython之gbff转gff格式 2020-04-27 - 简书 (jianshu.com)
4.gbf to fasta
genebank to fasta 在线版：https://www.bioinformatics.org/sms2/genbank_fasta.html
后面再更新一个biopython版本。
5.github script
https://github.com/ihh/gfftools/blob/master/genbank2gff.pl